La estructura del Proyecto Educativo recoge tres grandes etapas: Infancia, Adolescencia y Juventud, que corresponden a tres momentos del desarrollo humano. Además, para facilitar la intervención educativa, se organiza en Tiempos (Pacto, Identidad, Experiencia, Estilo de Vida y Compromiso).
Este proceso se mueve en torno a seis itinerarios que resumen las dimensiones fundamentales de la vida cristiana: la dimensión educativa en la fe, la comunitaria y eclesial, de la liturgia y los sacramentos, de la oración, del testimonio, y la de ser persona.
Las actividades siguen una metodología propia que utiliza una pedagogía activa, inductiva y existencial para que el Juniors, partiendo de la experiencia de su vida, sea capaz de enfrentarla con la propuesta de Jesús, y que esto le lleve a realizar un cambio y un compromiso en su vida. Los cuatro momentos del Método Juniors son: experiencia, reflexión, compromiso y celebración.
