L’estructura del Projecte Educatiu arreplega tres grans etapes: Infància, Adolescència i Joventut, que corresponen a tres moments del desenvolupament humà. A més, per a facilitar la intervenció educativa, s’organitza en Temps (Pacte, Identitat, Experiència, Estil de Vida i Compromís).
Aquest procés es mou entorn de sis itineraris que resumeixen les dimensions fonamentals de la vida cristiana: la dimensió educativa en la fe, la comunitària i eclesial, de la litúrgia i els sagraments, de l’oració, del testimoni i la de ser persona.
Les activitats segueixen una metodologia pròpia que utilitza una pedagogia activa, inductiva i existencial perquè el Juniors, partint de l’experiència de la seua vida, siga capaç d’enfrontar-la amb la proposta de Jesús, i que això el porte a fer un canvi i un compromís en la seua vida. Els quatre moments del Mètode Juniors són: experiència, reflexió, compromís i celebració.
